Pada Era tahun enam puluhan, para peserta didik yang ingin meniti karier dan belajar pada Sekolah Teknik Menengah (STM) mereka harus belajar di luar daerah Maluku, karena di propinsi khususnya di Kota Ambon hanya ada Sekolah Teknik Tingkat Pertama (ST).

Melihat animo masyarakat peserta didik yang begitu berminat untuk belajar pada STM, maka ada sekelompok pemuda daerah ini secara khusus menaruh perhatiannya pada masalah perkembangan Pendidikan Teknik Tingkat Menengah.

Mereka ini kemudian tergabung dalam “†ⁿYAYASAN TOMA” dan pada tahun 1963 mulai merintis pendirian sebuah STM Swasta di kota Ambon dibawah asuhan Bapak H. T. Kho sebagai Pembina

Setelah dua tahun kemudian tepatnya pada tanggal 1 Agustus 1955, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 42/DIR PT/B. 1/11965 STM Swasta Ini beralih status menjadi STM Negeri Ambon (karena di kota Arnbon hanya ada satu buah STM).

Dalam perkembangannya beberapa tahun kemudian STM Negeri 1 Ambon. namanya diganti menjadi

Kemudian sesuai Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Ri No 036/O/ 1997, maka terhitung 1 Juni 1997 nama STM Negeri 1 Ambon berubah menjadi

SEKOLAH MENENGAH KEJURUAN (SMK) NEGERI 3 AMBON.